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モデリング

解析が回ったのでRスクリプトを置いておきます。

 

負の二項分布のGLMM

library(lme4)

lmer(y~x+(1/z),family=negative.binomial(theta=...),data=d)

yは目的変数、xは説明変数、zは変量効果、...には値指定、dはデータをそれぞれ指定。

 

Zero-inflated poisson (ZIP) model

 

library(pscl)

 

zeroinfl(y~x+(1/z),data=d,dist="poisson")

 

poissonをnegbinに変更したら、負の二項分布を仮定したZero-inflated negative binomial modelになります。

 

注意して頂きたいのですが、上のスクリプトで解析は出来るのですが、大前提として、負の二項分布を仮定したGLMM、Zero-inflated modelってそもそもどうなの?って議論があると思います。これについては僕は正直分かりません。諸説あると思います。